La noix de muscade est le fruit d'une plante qui s'appelle Myristica fragrans Hout. Le genre Myristica constitue à lui seul la petite famille des Myristicacées . Il comprend une centaine d'espèces. Le Myristica fragrans est un arbre pouvant atteindre jusqu'à 10 et même 20m de hauteur, à branches nombreuses, étalées, dont l'écorce est brun grisâtre. Le fruit du muscadier est une sorte de capsule charnue, longuement pédonculée, de forme variable, sphérique ou ovale, de la couleur d'un abricot, mesurant en moyenne cinq centimètres de diamètre et de couleur jaune pâle à maturité. Le péricarpe, de consistance un peu ferme, contient un suc acide et astringent et possède l'odeur aromatique de noix de muscade. A maturité parfaite, il se fend en deux valves en commençant par le sommet et laisse voire la graine brune et son arille rouge plus ou moins orangé et charnu. Sous l'écorce ligneuse de la graine se trouve l'amande ou « noix de muscade ».En Indonésie, on laisse parfois les fruits arriver à ce stade et tomber sur le sol où l'on ramasse ensuite les noix, mais généralement, on récolte les fruits sur les branches à l'aide d'un bâton crochu. Les fruits récoltés sont immédiatement transportés à l'atelier de préparation où ils sont ouverts ; on en extrait la graine et son arille. L'arille, appelée macis est aussi utilisé comme épice. Les noix de muscade sont ensuite étalées et mis à sécher au soleil. Lorsque les amandes sont bien sèches, elles sonnent lorsqu'on secoue la graine. A ce stade, les « muscades en coque » comme on les appelle, la noix de muscade est entourée d'une coque dure, cassante, brune, un peu luisante, ovoïde, avec, partant de la base, des sillons sinueux, peu profonds et ramifiés.